. Vaincus militairement, les Royalistes tentent de prendre le pouvoir par les élections. En avril 1797, la droite royaliste obtient la majorité lors du renouvellement du Conseil des Cinq-Cents et du Conseil des Anciens (les deux assemblées législatives du Directoire). Les Conseils suppriment alors les lois contre les émigrés et les prêtres réfractaires. Mais à Paris le 4 septembre 1797, trois des cinq Directeurs, Reubell, La Révellière-Lépeaux et Barras organisent un coup d'État soutenu par l'armée commandée par Hoche et Augereau. Les résultats de l'élection sont annulés dans 49 départements (notamment dans l'Ouest), les prêtres réfractaires sont de nouveau poursuivis. Des paysans commencent à reprendre les armes.
En 1799, les défaites militaires de la République conduisent à de nouvelles levées d'hommes et au vote de la loi des otages, lesquels seraient tenus pour responsables de certaines infractions pénales, notamment de la part de notables soupçonnés de menacer l'autorité du Directoire. Ces mesures incitent les chefs chouans à relancer l'insurrection. Le 14 septembre 1799, 200 chefs chouans et vendéens se réunissent au château de la Jonchère, près de Pouancé, défendu par 1.200 hommes et fixent une prise d'armes générale pour le 15 octobre. Le commandement est réorganisé : Suzannet succède à Charette à la tête de l'armée du Bas-Poitou et du Pays de Retz à l'ouest de la Vendée et au sud de la Loire-Inférieure, Sapinaud reprend son commandement de l'armée du Centre, tandis que Charles d'Autichamp, succède à Stofflet à la tête de l'armée d'Anjou.
Bien que l'armée républicaine d'Angleterre (l’ancienne Armée de l'Ouest) ne compte alors que 16.000 soldats dans tout l'ouest, les Vendéens ne rencontrent que des échecs. La guerre s'interrompt à la suite de l'annonce du coup d'État du 18 Brumaire (09 novembre 1799). Le 15 novembre, s’ouvrent des négociations, mais les généraux royalistes se divisent entre ceux qui souhaitent signer la paix et ceux qui veulent poursuivre la guerre. Napoléon Bonaparte, désormais premier consul, proclame la liberté religieuse et détache 30.000 hommes des frontières pour être envoyés dans l'Ouest. Les chefs vendéens, Suzannet, d'Autichamp et Sapinaud, signent la paix à Montfaucon-sur-Moine le 18 janvier 1800. Les généraux chouans ne tiendront que quelques semaines de plus.
. Les Vendéens ne voient plus maintenant d’opposition entre eux. Ils pensent, ils agissent comme les autres Français ; les Anglais vont s’en apercevoir. En juillet 1800, l’amiral Warren jette sur la côte de Saint-Gilles et de l’île d’Yeu des troupes de débarquement. Le maire de l’île d’Yeu fait tirer le canon des batteries de l’île, tandis que, sur la côte en face, des habitants de Beauvoir et de Bouin, le lieutenant de gendarmerie et un prêtre en tête, marchent à l’assaut. Victoire significative : les Anglais ne sont plus les alliés de la Vendée. Bonaparte reçoit à Paris une délégation des vainqueurs ; il leur adresse les éloges les plus chaleureux ; il leur remet à chacun une carabine d’honneur. Il les questionne : « Que désirez-vous ? – Que l’on nous rende nos prêtres. » Bonaparte leur rendit leurs prêtres et la Vendée resta calme sous l’Empire. La fondation de La Roche-sur-Yon en 1804, nouvelle préfecture centrale, le percement de routes, les fonds versés pour la construction de maisons détruites, tout cela contribua à l’accalmie …